John Yoshio Naka nasceu em 16 de agosto de 1914 em Brighton, no Colorado. Seus pais eram os isseis Kakichi e Yukino Naka. Ele passou a infância na fazenda de seu pai em Fort Lupton, no Colorado. Quando tinha oito anos, John se mudou com a família para o Japão para ajudar o avô. Seu avô então o iniciou na arte do Bonsai.

Em 1935, aos 21 anos, John retornou ao Colorado para trabalhar na fazenda de seu irmão mais velho. Lá, ele conheceu e se casou com Alice, com quem teve três filhos. Após o final da Segunda Guerra Mundial, ele e sua família se mudaram para Los Angeles, onde ele imediatamente começou a ensinar a arte do Bonsai na comunidade nipo-americana local. Eventualmente, ele formou um clube Bonsai que mais tarde se tornou a Sociedade Bonsai da Califórnia. Ele deu cursos de Bonsai em inglês e introduziu esta arte à pessoas fora da comunidade nipo-americana. John viajou por toda a Califórnia para dar aulas a entusiastas do Bonsai. Suas classes e palestras eram muito solicitadas nos Estados Unidos, Canadá, Austrália, América do Sul, África do Sul e Europa. John foi instrumental na dispersão da arte do Bonsai no mundo ocidental.

A popularidade das suas classes de Bonsai o levaram a ensinar a arte em países de todas as partes do mundo. John também escreveu dois livros, Técnicas Bonsai e Técnicas Bonsai II, os quais foram publicados em vários idiomas. Ele recebeu numerosos prêmios, incluindo a Ordem de Quinta Classe do Sol Nascente, das mãos do imperador do Japão em 1985, e o Prêmio da Associação da Herança Nacional do National Endowment for the Arts [Fundo Nacional para as Artes] em 1992. O Pavilhão John Naka no Museu Nacional de Bonsai e Penjing foi batizado em sua honra.

le faleceu em 19 de maio de 2004. (4 de outubro de 2006)